School programme
Preliminary activities
https://github.com/ciencialatitud0/EPIC_1/tree/main/Introduction
- Initial activities done by the students (instructions in the link below).
- Preparatory session with a tutor (optional attendance).
Day 1 (18/10/2021)
Session 1: Introduction to GIT (9:00 - 10:00)
Tutor: Luis Manzanillas, Max Planck Institute for Physics, Germany
https://github.com/ciencialatitud0/EPIC_1/tree/main/Session_1
- Welcome
- What is GIT?
- How to use?
- What can I do with GIT?
- Usage examples
Session 2: Data Analysis with python I (10:00 - 13:00)
Tutora: Lupe Villegas López, Instituto de Óptica IO_CSIC, España
https://github.com/ciencialatitud0/EPIC_1/tree/main/Session_2
- Read and write data tables
- Work with data tables
- Basic statistics
- Plots with matplotlib
- Regressions and curve fitting
- Examples
Day 2 (19/10/2021)
Session 3: Data Analysis with python II (9:00 - 13:00)
Tutor: Wladimir Banda-Barragán, Hamburg University, Germany
https://github.com/ciencialatitud0/EPIC_1/tree/main/Session_3
- Introduction to HDF5, VTK, and Binary Data Formats
- Reading and handling data from numerical simulations
- Array manipulation, and use of conditionals and loops
- Application to the analysis of 2D simulations of fluid dynamics
- Computation of integrated quantities
- Clump finding techniques
- Visualisation and interpretation of the results
Day 3 (20/10/2021):
Parallel sessions on advanced topics.
Session 4: Image processing (9:00 - 13:00)
Tutor: Andrés Morales Navarrete, Friedrich Miescher Laboratory of the Max Planck Society, Germany
https://github.com/ciencialatitud0/EPIC_1/tree/main/Session_4
- Explanation about bioimages (i.e. fluorescence microscopy)
- Bioimage analysis example: quantifying cell morphology from 2D fluorescence micrographs
- Importing images and plotting images
- Logical operators (pixel-wise operations)
- Intensity Transformation
- Filters and Fourier transformations
- Segmentation
- Extracting data from segmented images (e.g. cell area, elongation)
Session 5: Astrophysics (session in English, 9:00 - 13:00):
Tutora: Helga Dénes, Astron - the Netherlands Institute for Radio Astronomy, The Netherlands
https://github.com/ciencialatitud0/EPIC_1/tree/main/Session_8
- Brief explanation on astrophysics behind galaxies and their neutral hydrogen (HI content).
- Reading in fits data cubes (3D spectral line data - HI data of a galaxy)
- Plotting slices of the 3D data cube and making moment maps
- Downloading astronomical images from a database (for the same galaxy as the HI data)
- Making an overlay of the HI data onto an optical image
- Calculating some basic statistics for the spectra
- Averaging the spectra for the galaxy
- Calculating the HI mass of a galaxy
- Fitting a Gaussian to spectra
Day 4 (21/10/2021):
Session 6: Materials science I (9:00 - 11:00)
Tutor: Leonardo Basile, Escuela Politécnica Nacional, Ecuador
https://github.com/ciencialatitud0/EPIC_1/tree/main/Session_6
- Introduction to Tight binding models in materials
Session 7: Materials science II (11:00 - 13:00)
Tutora: María José Benítez, Escuela Politécnica Nacional, Ecuador
https://github.com/ciencialatitud0/EPIC_1/tree/main/Session_7
- Magnetism
- Electron microscopy on magnetic materials
- Magnetic simulations
Session 8: Particle physics (9:00 - 13:00)
Tutor: Alejandro Gómez Espinosa, ETH Zurich, Switzerland
https://github.com/ciencialatitud0/EPIC_1/tree/main/Session_5
- Brief intro to data analysis for high energy physics
- The exercise requires basic knowledge of LHC physics data.
- How to handle it, how to process it and what to look up to.
- This exercise uses real data from one of the LHC experiments.
- Filter the data, make relevant plots and statistically analyze the results.
Day 5 (22/10/2021):
9:00 - 13:00
https://github.com/ciencialatitud0/EPIC_1/tree/main/Student_presentations
Student and final project presentations (12 minutes + 3 minutes for questions)
Programa
Actividades preliminares:
https://github.com/ciencialatitud0/EPIC_1/tree/main/Introduction
Día 1 (18 de octubre de 2021)
Sesión 1: Introducción a GIT (9:00 - 10:00)
Tutor: Luis Manzanillas, Max Planck Institute for Physics, Germany
https://github.com/ciencialatitud0/EPIC_1/tree/main/Session_1
Bienvenida al evento
¿Qué es GIT?
¿Cómo se usa?
¿Qué puedo hacer con GIT?
Ejemplos de uso
Sesión 2: Análisis de Datos con python I (10:00 - 13:00)
Tutora: Lupe Villegas López, Instituto de Óptica IO_CSIC, España
https://github.com/ciencialatitud0/EPIC_1/tree/main/Session_2
Leer y escribir tablas de datos
Trabajar con tablas de datos
Estadística básica
Gráficas con matplotlib
Regresiones y ajuste de curvas
Ejercicios
Día 2 (19 de octubre de 2021)
Sesión 3: Análisis de Datos con python II (9:00 - 13:00)
Tutor: Wladimir Banda-Barragán, Hamburg University, Germany
https://github.com/ciencialatitud0/EPIC_1/tree/main/Session_3
Introducción a los formatos de datos HDF5, VTK y binarios
Lectura y manejo de datos de simulaciones numéricas
Manipulación de arreglos, y uso de condicionales y lazos
Aplicación al análisis de simulaciones 2D de dinámica de fluidos
Cómputo de variables integradas
Técnicas de búsqueda de cúmulos
Visualización e interpretación de los resultados
Día 3 (20 de octubre de 2021)
Sesiones paralelas en temas avanzados.
Sesión 4: Procesamiento de imágenes (9:00 - 13:00)
Tutor: Andrés Morales Navarrete, Friedrich Miescher Laboratory of the Max Planck Society, Germany
https://github.com/ciencialatitud0/EPIC_1/tree/main/Session_4
Explicación inicial sobre bioimágenes (i.e. microscopía de fluorescencia)
Ejemplo de análisis de una bioimagen: cuantificación de la morfología celular a partir de micrografías de fluorescencia 2D
Importación y trazado de imágenes
Operadores lógicos (operaciones por píxeles)
Transformación de intensidad
Filtros y transformaciones de Fourier
Segmentación
Extracción de datos de imágenes segmentadas (por ejemplo, área de celda, alargamiento)
Sesión 5: Física de partículas (9:00 - 13:00)
Tutor: Alejandro Gómez Espinosa, ETH Zurich, Switzerland
https://github.com/ciencialatitud0/EPIC_1/tree/main/Session_5
Introducción a análisis de datos para física de altas energías
El ejercicio requiere conocimiento básico de datos del LHC
Cómo manejar datos, cómo procesarlos y qué buscar
El ejercicio usa datos reales de uno de los experimentos del LHC
Incluye filtrar datos, realizar gráficas y analizar resultados
Día 4 (21 de octubre de 2021)
Sesión 6: Ciencia de materiales I (9:00 - 11:00)
Tutor: Leonardo Basile, Escuela Politécnica Nacional, Ecuador
https://github.com/ciencialatitud0/EPIC_1/tree/main/Session_6
Introducción a "tight binding models" en materiales.
Sesión 7: Ciencia de materiales II (11:00 - 13:00)
Tutora: María José Benítez, Escuela Politécnica Nacional, Ecuador
https://github.com/ciencialatitud0/EPIC_1/tree/main/Session_7
Magnetismo
Microscopía de electrones in materiales magnéticos
Simulaciones magnéticas
Sesión 8: Astrofísica (en inglés) (9:00 - 13:00)
Tutora: Helga Dénes, Astron, The Netherlands
https://github.com/ciencialatitud0/EPIC_1/tree/main/Session_8
Explicación inicial sobre la astrofísica detrás de las galaxias y su hidrógeno neutro (contenido de HI).
Lectura de cubos de datos FITS (datos de línea espectral 3D de HI de una galaxia)
Gráficas de porciones del cubo de datos 3D y mapas de momentos
Descargar imágenes astronómicas de una base de datos (para la misma galaxia que los datos HI)
Superposición de los datos HI en una imagen óptica
Cálculo de algunas estadísticas básicas para los espectros
Promedio de los espectros de la galaxia y cálculo de la masa de HI de una galaxia
Ajuste Gaussiano a los espectros
Día 5 (22 de octubre de 2021)
(9:00 - 13:00)
https://github.com/ciencialatitud0/EPIC_1/tree/main/Student_presentations
Presentaciones de estudiantes
Presentaciones de proyectos del curso
Clausura del evento
