Computers and Cells – Biophysics of Lipid Membranes at the Atomic Scale
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La dinámica molecular (DM) es una técnica computacional basada en termodinámica estadística; puede servir como un microscopio computacional, complementar observaciones experimentales, o influir en el diseño de experimentos. Los estudios de DM pueden ser críticos para el estudio de biomoléculas, para proponer mecanismos o cuantificar la dinámica de un proceso. Estas simulaciones predicen la trayectoria de un sistema en función de las fuerzas que actúan sobre cada uno de los componentes. Se obtiene una trayectoria de simulación resolviendo las leyes de Newton para cada componente del sistema a una frecuencia determinada. Los parámetros de simulación constituyen el "campo de fuerza" de la misma, y se determinan empíricamente o en base a cálculos de mecánica cuántica. Éstos describen las interacciones entre términos enlazados, no enlazados, interacciones van der Waals y electrostáticas. En esta charla presento el uso de simulaciones DM para estudiar la biofísica de membranas celulares y su interacción con proteínas. Ejemplos específicos incluyen el modelado realístico de membranas y la interacción de proteínas periféricas (fuera de la membrana) con dichos modelos. Dado que simulamos explícitamente todos los átomos en el sistema, podemos cuantificar los contactos específicos entre proteínas y lípidos, así como las propiedades mecánicas y estructurales de la membrana. Estos resultados proporcionan una comprensión adicional sobre mecanismos clave de enlace y reconocimiento de membranas celulares, y complementan lo que puede aprenderse de experimentos.
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https://cern.zoom.us/j/92225764979?pwd=U2RHTktVWE9QNlV5enljT0xDTThwUT09